مضي 1000 يوم وليلة والصحفي محمود حسين يرزح في السجون المصرية منذ إيقافه  في 20 ديسمبر 2016 م في مطار القاهرة والتحقيق معه لأكثر من 15 ساعة ثم إخلاء سبيله ثم اعتقاله بعد 72 ساعة من منزله وتوجيه جملة من الاتهامات الملفقة في بيان وزارة الداخلية المصرية تحت القضية 1152 لسنة 2016 أمن الدولة العليا ، والتهم تمثلت في إشاعة أخبار كاذبة  وتلقي أموال من الخارج بقصد الإضرار بالمصالح القومية للبلاد.

وبموجب هذه الاتهامات تم ايداعه في الحبس الانفرادي 3 أشهر حتى تم نقله الي الحبس العادي حيث تعرض في يونيو 2017 م لكسر مضاعف في يده ولم يتم عرضه للطبيب حينها ، وأثناء احتجازه سجيناً أقر فريق من الأمم المتحدة  بأن محمود حسين يخضع لاحتجاز تعسفي ، وبعد أكثر من عامين بتاريخ  23 مايو العام 2019م صدر قرار بإخلاء سبيله وقد أيدت محكمة الاستئناف القرار وأثناء متابعة أسرته لقرار الإفراج وأنتظار عودته لبيته صدر قرار آخر بإعادته للسجن مرة أخري قبل خروجه وتم تحويله لسجن طرة على ذمة قضية جديدة.